Elisabeth Abegg wird in Straßburg gebo­ren. Sie be­sucht das Lehrer­innen­seminar und studiert ab 1912 Geschichte, klassische Philo­logie und Roma­nistik. Anfang der 1920er Jahre zieht die promo­vierte His­tori­kerin nach Berlin und tritt eine Stelle als Ge­schichts­lehrerin im Luisen-Lyzeum an. Wäh­rend der Weimarer Repu­blik ist Elisabeth Abegg Mitglied der links­liberalen Deutschen Demo­kratischen Partei (DDP) und engagiert sich sozial.

Ge­meinsam mit ihrer Kollegin Elisabeth Schmitz und einigen ihrer Schüler­innen, darunter auch Hildegard Knies, setzt sie sich nach der Macht­über­nahme gegen die national­sozialistischen Ein­griffe in das Schul­leben zur Wehr. 1935 wird Elisabeth Abegg deshalb an eine andere Schule straf­versetzt und 1941 in den Ruhe­stand gezwungen. Im selben Jahr tritt sie der Reli­gions­gemein­schaft der Quäker bei. Nach­dem ihre enge jüdische Freundin Dr. Anna Hirschberg im Sommer 1942 depor­tiert wird, baut Elisabeth Abegg gemein­sam mit ehe­mali­gen Schüler­innen und Kolleginnen ein breites Hilfs­netz­werk auf. 

Die Hel­ferinnen und Helfer ver­stecken unter­ge­tauchte Jü­dinnen und Juden, die sich auf diese Weise einer dro­henden De­por­tation in die Ghettos und Ver­nichtungs­lager entziehen. Sie geben auch Lebens­mittel­karten weiter und organisieren gefälschte Papiere. Elisabeth Abegg versteckt zudem für einige Tage den sozial­demo­kra­tischen Widerstands­kämpfer Ernst von Harnack, als dieser nach dem gescheiterten Attentat auf Hitler vom 20. Juli 1944 auf der Flucht ist.

Nach Kriegs­ende ist Elisabeth Abegg für die Quäker aktiv. Im Mai 1967 wird sie von der israe­lischen Gedenk­stätte Yad Vashem für ihre Hilfs­leistungen im National­sozialismus als Ge­rechte unter den Völkern geehrt. 

Bis zu ihrem Tod 1974 ist sie mit vielen der Geretteten eng be­freun­det.