Emmy Windhorst arbeitet nach der Schulentlassung als Hauswirtschaftshelferin. Seit 1918 lebt sie in Berlin und heiratet 1927 den Kaufmann Richard Zehden, der aus einer jüdischen Familie stammt. Im Haushalt des Paares lebt auch der Neffe von Emmy Zehden, Horst Günther Schmidt, den diese seit Anfang der 1920er Jahre aufzieht.
Zu Beginn der 1930er Jahre kommen Emmy und Richard Zehden in Kontakt mit den Ernsten Bibelforschern, die sich ab 1931 Zeugen Jehovas nennen. Auch nach dem Verbot der Glaubensgemeinschaft im Juni 1933 nehmen sie an Bibelstunden teil und lassen sich 1935 als Zeugen Jehovas taufen. Richard Zehden wird deshalb im April 1938 vom Sondergericht Berlin zu einer Gefängnisstrafe von neun Monaten verurteilt.
Emmy Zehden ist wie alle Zeugen Jehovas eine entschiedene Gegnerin des Kriegsdienstes und beeinflusst ihren Neffen Horst Günther Schmidt, sich dem Wehrdienst zu entziehen. Obwohl ihr Mann verurteilt ist und Emmy Zehden weiß, dass ihre Haltung lebensgefährlich ist, hält sie an ihrer Überzeugung fest. Sie verbirgt ihren Neffen, der sich ebenfalls als Zeuge Jehovas hat taufen lassen, sowie zwei weitere Kriegsgegner zeitweise in ihrer Wohnung in Berlin-Gatow und in der Gärtnerei von Otto und Jasmine Muhs in Berlin-Staaken.
Am 24. September 1942 werden Emmy und Richard Zehden festgenommen. Während ihr Mann in das Konzentrationslager Sachsenhausen verschleppt und dort im November 1943 ermordet wird, wird sie am 19. November 1943 vom „Volksgerichtshof” zum Tode verurteilt. Nach erfolglosen Gnadengesuchen wird Emmy Zehden am 9. Juni 1944 in Berlin-Plötzensee ermordet. Ihre Abschiedsbriefe werden der Familie vorenthalten.
Seit 1992 ist ein Weg in der Nähe der Gedenkstätte Plötzensee nach ihr benannt. Im Oktober 2011 sind in Berlin-Spandau Stolpersteine für Emmy und Richard Zehden sowie für Horst Günther Schmidt verlegt worden.