Ilse Unterdörfer und ihre Mutter Gertrud schließen sich Anfang der 1930er Jahre den Zeugen Jehovas an. Nach dem Verbot der der Glaubensgemeinschaft in den Ländern des Deutschen Reichs 1933 kommt es zu einer Hausdurchsuchung bei den Frauen. Ilse Unterdörfer ist jedoch weiterhin und an der Verbreitung von Schriften beteiligt und als Kurierin in Sachsen aktiv.
1936 reist sie gemeinsam mit Erich Frost, dem Bezirksdienstleiter für Sachsen, zum Kongress der Zeugen Jehovas nach Luzern. Hier wird eine Resolution gegen die Verfolgung der Zeugen Jehovas verabschiedet, die am 12. Dezember 1936 in ganz Deutschland als Flugblatt verbreitet wird.
Als Frost mit der Reichsleitung der Untergrundtätigkeit der Zeugen Jehovas in Deutschland beauftragt wird, übernimmt Ilse Unterdörfer zeitweise die Betreuung der Bezirksarbeit in Sachsen. Dabei arbeitet sie eng mit Erich Frost zusammen. Beide werden am 21. März 1937 festgenommen.
Ilse Unterdörfer wird am 29. Oktober 1937 vom Sondergericht I bei dem Landgericht Berlin zu einem Jahr und neun Monaten Gefängnis verurteilt. Nach Verbüßung der Haft wird sie in das Konzentrationslager Lichtenburg und im Mai 1939 in das Konzentrationslager Ravensbrück verschleppt.
Auch hier hält sie an ihrem Glauben fest und verweigert wie die Mehrheit ihrer Glaubensschwestern jegliche kriegsunterstützende Arbeiten. So lehnen die Frauen das Nähen von Uniformen für die Waffen-SS und die Wehrmacht ab. Im Dezember 1939 weigern sich Zeuginnen Jehovas im KZ Ravensbrück, Patronentaschen zu produzieren. Sie werden dafür mit Bunkerhaft bestraft und müssen mehrere Stunden in dünner Kleidung bei extremen Minusgraden auf dem Gefängnishof stehen, zudem erhalten sie nur minimale Essensrationen. Trotzdem rücken sie nicht von ihrer Verweigerungshaltung ab.
Ilse Unterdörfer kann das Kriegsende überleben und ist in den folgenden Jahren als Vollzeitpredigerin der Zeugen Jehovas in Österreich tätig.