Gertrud Seele wächst in einem sozialdemokratischen Elternhaus in Berlin-Neukölln auf und engagiert sich während ihrer Schulzeit an der Rütli-Reformschule im sozialistischen Kinder- und Jugendverband der Roten Falken. Anschließend besucht sie eine Aufbauklasse an der Elbeschule, von der sie 1934 aufgrund einer Äußerung gegen die Nationalsozialisten verwiesen wird.
Ab 1937 absolviert Gertrud Seele eine Ausbildung zur Krankenschwester im Robert-Koch-Krankenhaus in Berlin-Moabit, 1939 legt sie zudem noch das Examen als Fürsorgerin ab. Im September 1941 kommt ihre Tochter Michaela zur Welt. Bis 1943 arbeitet sie als Krankenschwester in Berlin-Moabit.
Diese Frau war ein Herz und eine Seele.
Hanns-Peter Herz (1927–2012), Neuköllner Bezirksstadtrat und Journalist über Gertrud Seele, um 2008
Ihre Familie ist seit 1932 eng befreundet mit der Familie Herz, die nach 1933 rassistisch verfolgt wird. 1934 nehmen Gertruds ältere Geschwister den siebenjährigen Hanns-Peter Herz vor antisemitischen Belästigungen anderer Kinder in Schutz. Gertrud Seele und ihr Bruder Paul unterstützen neben der Familie Herz weitere verfolgte Jüdinnen und Juden.
Im August 1943 zieht sie mit ihrer kleinen Tochter wegen der Bombenangriffe auf Berlin in das Dorf Merke (Mierków) auf einen Bauernhof, wo sie einige Wochen bleibt. Der Bäuerin Luise Mose gegenüber, mit der sie sich befreundet glaubt, äußert sie sich kritisch über das NS-Regime und zeigt ihre Abneigung gegen den Krieg.
Als sie im Januar 1944 erneut in den Ort Merke fährt, wird sie nach einer Denunziation durch Luise Mose festgenommen. Gertrud Seele wird am 6. Dezember 1944 vom „Volksgerichtshof” wegen „Wehrkraftzersetzung und Feindbegünstigung” zum Tode verurteilt.
Sie wird 27-jährig am 12. Januar 1945 im Strafgefängnis Berlin-Plötzensee ermordet.
1951 wird ein Krankenhaus in Lanke bei Bernau nach ihr benannt, außerdem tragen in verschiedenen Städten Straßen ihren Namen. Seit 2012 erinnert in Berlin-Neukölln am früheren Wohnhaus ihrer Familie ein Stolperstein an sie.