Martha Pleul wächst in ökonomisch prekären Verhältnissen auf. Die Mutter ist Schneiderin, der Vater ist Weber. Nach der Volksschule besucht sie eine private Handelsschule und erlernt den Beruf der Stenotypistin. Bereits mit 14 Jahren tritt Martha Pleul aus der katholischen Kirche aus, ein Jahr später wird sie Mitglied der Freien Sozialistischen Jugend und 1919 der KPD. Sie arbeitet für die Bezirksleitungen der KPD in Halle-Merseburg sowie Hannover und ist Funktionärin im Kommunistischen Jugendverband Deutschlands (KJVD).
1922 zieht Martha Pleul nach Hamburg und arbeitet als Korrespondentin für die kommunistische Hamburger Volkszeitung (HVZ). Wegen ihrer Teilnahme am „Hamburger Aufstand“ im Oktober 1923, durch den die KPD einen Umsturz herbeiführen wollte, kommt sie für drei Monate in Untersuchungshaft in das Hamburger Gefängnis Hütten. 1926 heiratet sie den Kommunisten Harry Naujoks. Aus der Ehe geht ein Kind hervor.
Martha Naujoks ist nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten im Januar 1933 im kommunistischen Widerstand aktiv. Im Juli 1933 wird sie von der Gestapo festgenommen. Während der Haft tritt Martha Naujoks zusammen mit anderen Frauen in den Hungerstreik, um bessere Haftbedingungen zu erstreiten. Hier erfährt sie, dass auch ihr Mann inhaftiert ist. Nach drei Monaten wird sie entlassen.
Im September 1935 emigriert Martha Naujoks in die Tschechoslowakei nach Prag. Sie wird in der Grenzregion eingesetzt und ist unter anderem als Kurierin tätig. Anfang 1936 wird sie in die Sowjetunion geschickt. Unter dem Namen „Inge Karst“ arbeitet sie beim Verlag für ausländische Arbeiter in Moskau. Nach Kriegsende kehrt Martha Naujoks 1945 nach Deutschland zurück.
Ab Juni 1945 ist Martha Naujoks als Redaktionssekretärin bei der Berliner Zeitung tätig und wechselt dann nach Hamburg, wo sie im Büro der KPD arbeitet. Als sie sich 1950 krankheitsbedingt zurückziehen muss, hilft sie ihrem Mann Harry Naujoks bei der Herausgabe eines Buches über seine Erinnerungen als politischer Häftling im KZ Sachsenhausen.
Martha Naujoks stirbt im Alter von 94 Jahren in Hamburg. Ihr Grab befindet sich im „Garten der Frauen“ auf dem Ohlsdorfer Friedhof.