Die Toch­ter des Schuh­machers Gustav und der Näh­erin Martha Menzel ab­sol­viert nach dem Be­such der Volks­schule eine kauf­männ­ische Leh­re und ar­bei­tet an­schlie­ßend als Steno­ty­pistin und Buch­halterin. 1921 schließt sich Margarete Menzel der KPD an. Sie ar­bei­tet im Apparat des Zentral­komitees (ZK) der KPD und lernt hier ihren späteren Ehe­mann, den KPD-Funk­tio­när Paul Merker, kennen. 

Als Mit­arbei­ter­in der ver­bo­te­nen Lan­des­lei­tung in Berlin kämpft sie ab 1933 aktiv ge­gen das NS-Re­gime. Ab 1935 ar­bei­tet Margarete Menzel in Prag und Paris im Aus­lands­sekre­tariat des ZK der KPD. Bis zu ihrer Fest­nahme im Jahr 1939 be­treut sie Frauen in­ter­nier­ter poli­t­ischer Funk­tio­näre der KPD in Frank­reich. 

Nach ihrer ei­genen Inter­nie­rung in den Lagern Gurs und Mar­seille kann sie ge­mein­sam mit Paul Merker 1942 nach Mexiko aus­rei­sen. Hier erhält sie den Auf­trag, in der Re­dak­tion und im Verlag der be­reits im Januar 1942 ge­grün­de­ten Bewe­gung „Freies Deutsch­land” mit zu ar­bei­ten. Margarete Menzel ist ver­ant­wortlich für den Presse­dienst des Latein­ameri­ka­nisch­en Komitees der „Freien Deutschen”. Es ge­lingt der Bewe­gung in vie­len weiteren Län­dern Latein­amerikas Grup­pen der Bewe­gung „Freies Deutschland“ ins Leben zu rufen. Margarete Menzel leis­tet Auf­klärungs­arbeit unter den Mit­glie­dern der deut­schen Kolo­nie, um sie dem Ein­fluss der Na­tional­sozia­lis­ten zu ent­zieh­en. 

1946 keh­ren Margarete Menzel und Paul Merker nach Deutsch­land zurück, das Paar hei­ratet 1952. Sie wird Mit­glied der SED und ar­bei­tet als Re­dak­teurin bei ver­schie­denen Zeit­schrif­ten. 

Im Zu­sam­men­hang mit dem Partei­ausschluss 1950 und der Fest­nahme von Paul Merker Ende 1952 wird auch Margarete Merker im Juni 1953 aus der SED aus­ge­schlos­sen. Ihr wird die An­er­ken­nung als Ver­folg­te des Nazi­regimes ent­zogen. Margarete Merker kämpft um die Frei­las­sung ihres Man­nes und be­müht sich um seine und ihre voll­stän­dige Re­habili­tie­rung.