Isa Gruner wächst in Hannover und Berlin auf. Nach ihrem Schul­ab­schluss ab­sol­viert sie eine Aus­bil­dung zur Kin­der­gärt­ne­rin am Pes­ta­lozzi-Fröbel-Haus in Berlin. Am Sozial­päda­go­gi­schen Semi­nar macht sie eine Aus­bil­dung als Wohl­fahrts­pfle­gerin und freun­det sich mit der Grün­derin des Seminars Anna von Gierke an. Nach dem Ab­schluss ihrer Aus­bildung 1922 arbeitet Isa Gruner in Guben und kehrt 1927 nach Berlin zurück.

1933 wird ihre Kollegin und Freundin Anna von Gierke auf­grund ihrer jü­disch­en Her­kunft all ihrer Ämter ent­hoben. Darauf­hin über­nimmt Isa Gruner die Leitung des Land­jugend­heims in Finkenkrug. Dort bringt sie mehrere ver­folgte jü­dische Kinder unter. Mit­hilfe von Quäker­innen und Quäkern können einige dieser Kinder mit Kinder­trans­porten nach Groß­britannien in Sicher­heit ge­bracht wer­den. 

Außer­dem über­nimmt Isa Gruner die Vor­mundschaft des in Finkenkrug unter­getauchten jü­dischen Mädchens Christa Schmey, dessen Mutter 1942 im Konzen­trations­lager Ravens­brück er­mor­det wird. Christa Schmey überlebt.

Nach dem Zweiten Welt­krieg baut Isa Gruner das Land­jugend­heim in Finkenkrug aus. 1950 ver­lässt sie das nun in der DDR liegende Heim und geht nach West-Berlin. Dort ist sie weiter als Sozial­päda­gogin tätig.