Margaretha Adam wächst in Schlesien auf und arbeitet nach dem Abschluss ihrer Schulausbildung als Lehrerin. Anschließend studiert sie Philologie, Psychologie und Geschichte. 1925 wird sie als eine von wenigen Frauen zu dieser Zeit an der Universität Hamburg promoviert.
Die Akademikerin steht der nationalsozialistischen Bewegung zunächst nahe. 1930 wählt sie die NSDAP. Gleichzeitig kritisiert sie früh die frauenpolitischen Positionen der Partei und ist beim Allgemeinen Deutschen Frauenverein (ADF) aktiv. Auch verfasst sie 1930 eine Schrift, die beim Centralverein deutscher Staatsbürger jüdischen Glaubens erscheint. Dies wird ihr später als Kritik am Antisemitismus der NSDAP ausgelegt.
Kurz nach der Machtübernahme wird Margaretha Adam wegen „politischer Unzuverlässigkeit“ der Lehrauftrag an der Hamburger Universität entzogen. Als es im Juni/Juli 1934 zum sogenannten „Röhm-Putsch“ kommt, einem Machtkampf innerhalb der nationalsozialistischen Bewegung, in dessen Verlauf Führungspersonen der „Sturmabteilung“ (SA) ermordet werden, wendet sie sich endgültig gegen das neue Regime. Sie versucht wiederholt, die Verantwortlichen für die Morde an den SA-Männern vor Gericht zu bringen. Margaretha Adam verfasst bis 1937 über 1.200 kritische Schriften, die sie auch an Vertreter ausländischer Regierungen verschickt.
Im März 1937 wird Margaretha Adam deswegen verhaftet und wenige Monate später vor dem „Volksgerichtshof“ zu acht Jahren Zuchthaus verurteilt. Das Gericht thematisiert hormonelle Veränderungen während der Wechseljahre als angebliche Ursache für ihren Widerstand. Ihre Haftstrafe verbüßt sie in verschiedenen Haftanstalten, bis sie 1944 schließlich aufgrund einer Erkrankung begnadigt wird.
Nur zwei Jahre später stirbt Margaretha Adam an einem Tumorleiden. Heute befindet sich im „Garten der Frauen“ auf dem Friedhof in Hamburg-Ohlsdorf ein Gedenkstein für sie.